Die Kanzel unserer Kirche wurde 1621 bis 1622 von Hein Baxmann geschnitzt. Drei Seiten des Kanzelkorbes wurden 1843 in die Mitte des Altars eingebaut. Ein Relief und der Kanzelaufgang fielen diesen Umbau zum Opfer. Der Sockel der Kanzel ist mit rechteckigen Intarsienfeldern geschmückt. Darüber finden wir einen breiten Wulst. In den Jahren 1962 bis 1974 wurde die Kanzel wieder aus dem Altar ausgebaut und möglichst originalgetreu wieder hergerichtet. So finden wir wieder vier Reliefs: Sie stellen Verkündigung, Anbetung, Kreuzigung und Auferstehung dar. Flankiert werden diese Reliefs von je zwei korinthischen Säulen. Bei der Wiederherstellung bekam die Kanzel ihren jetzigen Ort an der Nordwand (ursprünglich Südwand). Dementsprechend ist der Kanzelaufgang 1974 seitenverkehrt erstellt worden. Aus unerfindlichen Gründen fehlen uns seither zwei Figuren des Aufgangs: Jesus und Andreas. Sie gingen bei der Restaurierung verloren.

Zu beiden Seiten des Altars finden wir das Juratengestühl, das ebenfalls von Hein Baxmann im Jahre 1625 geschnitzt wurde. Das Gestühl ist nicht mehr vollständig und in originaler Aufstellung vorhanden. Es wurde mehrfach umgebaut und Zusammenhänge der geschnitzten Reliefs wurden dabei unterbrochen. Die Brüstung ist durch weibliche und männliche Karyatiden (Figuren) - alle voneinander verschieden - in Felder aufgeteilt. In den Feldern finden wir vertiefte Rundbögen mit einem Hochrelief geschnitzter Figuren. Auf der Nordseite die Darstellung von Aposteln, auf der Südseite Gestalten des Alten Testaments. Die heutige Form des Gestühls und die farbliche Gestaltung entstanden bei der Restaurierung in den Jahren 1963 bis 1967.

Valentin Preuß schuf 1688 den barocken Altar, den wir heute fast wieder in seiner ursprünglichen Schönheit sehen können. Über dem Altartisch ist die Darstellung des Abendmahls (Hübner, 1843) zu sehen. Zwei gedrehte Säulen tragen das verkröpfte Gebälk, dazwischen das Bild von der Kreuzigung. Zu beiden Seiten der Säulen stehen vor korinthischen Säulen die Evangelisten Matthäus und Markus. Über dem Kreuzigungsbild halten zwei Engel das Allianzwappen des Stifters Senator John. Auf dem Gebälk sitzen zwei weibliche Figuren mit Marterwerkzeugen. An Ihren Außenseiten stehen die Evangelisten Lukas und Johannes, dieser blickt auf den Altar gekrönt. Das Bild der Erscheinung des Auferstandenen ist später bei der Restaurierung 1962 bis 1967 eingefügt worden, weil das ursprüngliche Bild abhanden gekommen war. 1843 entstanden die Altarschranken mit geschnitzten Akanthusornamenten und Engelsköpfen.

Inzwischen erklingt die dritte Orgel in unser St. Nikolaikirche. 1683 entstand die erste Orgel durch Joachim Rickborn. 1853 bis 1856 wurde die zweite gebaut, die im Jahre 1949 noch einmal notdürftig wieder hergerichtet wurde. Bei den Restaurierungsarbeiten 1962 bis 1967 wurde deutlich, dass diese Orgel nicht mehr zu retten war, da Würmer dem Holz zu Leibe gerückt waren. So baute die Wilhelmshavener Firma Führer eine neue Orgel. Sie verfügt über zwei Manuale und Pedal. Wiederhergestellt wurde bei dieser Gelegenheit der Prospekt, den 1684 Jürgen Riege geschnitzt hat.

Drei Jahreszeiten markieren unsere Taufe: Um 1470 entstand die heutige Taufschale die in Nürnberg aus Messing getrieben wurde und sich lange Zeit in Dänemark befand. Wahrscheinlich wurde sie während des 30-jährigen Krieges ausgelagert. Erst nach dem Krieg wurde sie in Visque am Skagerrak wiedergefunden. Aus dem Jahre 1688 stammt der Taufdeckel, der seit 1843 umgedreht als Taufe dient. Der barocke Deckel wurde damals von Valentin Preuß zugleich mit einer Taufe aus Holz geschnitzt. Leidet ist diese Taufe nicht mehr vorhanden. Klaus Luckey aus Reitbrook schuf 1967 den neuen Taufstein. Am Sonntag, dem 29. Oktober 1967, wurde im Reformationsgottesdienst mit der Taufe dreier Kinder die Restaurierung der Taufe gefeiert.

Der Beichtstuhl unserer Kirche dürfte einer der wenigen in evangelischen Kirchen sein, der voll funktionsfähig ist. Im Jahre 1769 wurde er zu Zeiten des Pastors Klefeker gebaut und man erzählt davon, dass damals die Ohrenbeichte in unserer Kirche noch üblich war und durchaus nicht unevangelisch ist. Wann dieser Beichtstuhl als Sakristei hinter den Altar rutschte, vermögen wir heute nicht mehr zu sagen. Es ist gut möglich, dass dies 1843 geschah, als das Innere der ganzen Kirche verändert wurde. An seiner Stirnwand jedenfalls wurden die beiden Figuren von Jesus und Andreas aus dem Kanzelaufgang angebracht. Wieder hergerichtet wurde der Beichtstuhl ebenfalls in den Jahren 1962 bis 1967.

Martin Conrad schuf 1720 die sechzehn Emporenbilder für fünf Mark das Stück. Sie zeigen folgende Szenen: Einzug in Jerusalem, Fußwaschungen, Abendmahl, Gethsemane, Judasverrat, Christus vor Kaiphas, Petri Verleugnung, Geißelung, Verhöhnung, Himmelfahrt, Ausgießung des Heiligen Geistes. 1846 wurden diese Bilder stark überarbeitet.

Im Moorfleeter Pastoratsgarten steht seit 1966 dieses Luther-Denkmal. Es wurde 1906 als Messingguss vom Berliner Künstler Magnussen gefertigt und zeigt den Reformator, wie er am 31. Oktober 1517 seine 95 Thesen an der Schlosskirche zu Wittenberg anbringt.
Das Luther-Denkmal stand ehemals über der Tür der Luther-Kirche in der Karpfangerstraße des Kirchspiels St. Michaelis. Im Bombenangriff 1943/44 sank diese Kirche in Trümmer, nur das Denkmal des Reformators blieb erhalten.