Die Kirche St. Nikolai prägt seit Jahrhunderten das Ortsbild von Billwerder. Bereits 1251 wird an dieser Stelle erstmals eine Kirche urkundlich erwähnt, seit 1402 ist St. Nikolai als Pfarrkirche nachweisbar. Die mittelalterliche Kirche war durch wiederholte Überschwemmungen, Stürme und den Lauf der Jahrhunderte so baufällig geworden, dass sie schließlich vollständig erneuert werden musste. Der Hamburger Baumeister Johann Nicolaus Kuhn errichtete 1737-39 eine großzügige barocke Backsteinsaalkirche, die etwa doppelt so groß wie ihr Vorgänger war. Für eine Dorfkirche war dies außergewöhnlich. Grund dafür war, dass zahlreiche Hamburger Kaufleute und Ratsherren in Billwerder ihre Sommerresidenzen besaßen und den Neubau finanziell unterstützten.
Am Michaelistag, dem 29. September 1739, wurde die neue Kirche feierlich eingeweiht. Zu diesem Anlass komponierte Georg Philipp Telemann eigens ein Oratorium.
Immer wieder litt die Kirche unter den Naturgewalten der Elbmarschen. Besonders verheerend war die Überschwemmung nach einem Deichbruch in Neuengamme in der Nacht vom 8. auf den 9. Juli 1771. Das Kircheninnere stand fast drei Monate lang rund 1,5 Meter unter Wasser. Noch heute erinnert eine Flutmarke an einem Pfeiler an dieses Ereignis.
Am 5. September 1911 zerstörte ein Brand die Kirche fast vollständig. Während Lötarbeiten am Turm geriet das Bauwerk in Brand, als das bisherige Schieferdach durch eine Kupferdeckung ersetzt werden sollte. Das Feuer erfasste den gesamten Kirchenbau. Noch im selben Jahr begann unter der Leitung des Kirchenbaumeisters Fernando Lorenzen der Wiederaufbau. Dabei konnten die Außenmauern erhalten und in den Neubau einbezogen werden. Gemeinsam mit Handwerkern aus Billwerder entstand bis 1913 eine Kirche, die sich eng an den barocken Vorgängerbau anlehnt. Am 2. Februar 1913 wurde sie eingeweiht. Im Gegensatz zum Vorgängerbau erhielt die neue Kirche ein brandsicheres Gewölbe aus Eisenbeton. Eine umfassende Renovierung erfolgte 1978.
Aus der Ausstattung des Vorgängerbaus haben nur zwei Kunstwerke den Brand überstanden: das Taufbecken und die Figur des heiligen Nikolaus. Beide schuf der Bildhauer Christoph Gruber um 1740.
Der Kirchturm
Bis 1884 besaß St. Nikolai einen hölzernen Glockenturm. In diesem Jahr wurde nach Plänen von O. Ritscher ein 56 Meter hoher Backsteinturm mit Schieferdach im neobarocken Stil errichtet. Als höchster Kirchturm der Vier- und Marschlande war er weithin sichtbar und diente über Generationen als markanter Orientierungspunkt in der flachen Marschlandschaft.
Das Schieferdach sollte 1911 durch ein Kupferdach ersetzt werden. Bei Lötarbeiten dazu, fing der Turm Feuer und wurde vollständig zerstört. Im Zuge des Wiederaufbaus erhielt die Kirche einen neuen Turm, der sich in seiner Gestaltung eng an den Vorgänger anlehnt und bis heute das charakteristische Erscheinungsbild von St. Nikolai prägt.
Der Kanzelaltar verbindet Altar und Kanzel zu einer eindrucksvollen Einheit und ist ein besonderer Blickfang der St. Nikolai-Kirche in Billwerder. Der erste Kanzelaltar wurde 1737 nach einem Entwurf des Bildhauers Johann Nicolaus Kuhn geschaffen und verbrannte während des Feuers 1911 komplett.
Der heutige Kanzelaltar entstand 1913. Bildhauer Professor August Henneberger orientierte sich in Größe und Form eng an seinem barocken Vorgänger und bewahrte so den historischen Charakter des Kirchenraums. Vier Evangelisten schmücken den Altarbereich, je zwei stehen links und rechts der Kanzel in überlebensgroßen Figuren.
Orgel
Seit mindestens 1627 erklingt in der St. Nikolai-Kirche Musik von einem Orgelprospekt. Die erste urkundlich bekannte Orgel wurde 1739 von Johann Dietrich Busch. Die 1870 von Christian Heinrich Wolfsteller geschaffene Orgel fiel beim Kirchenbrand von 1911 den Flammen zum Opfer. Einer Überlieferung nach soll sie während des Brandes noch zu hören gewesen sein.
Noch im selben Jahr entstand die heutige Paul-Rother-Orgel. Die klangliche Disposition orientierte sich weitgehend an der früheren Wolfsteller-Orgel. Sie wurde jedoch elektrifiziert und mit einem neuen Spieltisch ausgestattet. Seit 1911 steht die Orgel in Billwerder auf der Hauptempore, während ihre Vorgänger eine Etage höher ihren Platz hatten.
Die Taufe
Der Taufstein stammt aus dem Jahr 1740 und wurde von dem Hamburger Steinhauer Christoph Gruber geschaffen. Er besteht aus schwarzem Marmor und ruht auf einem kunstvoll gearbeiteten Sandsteinfuß von 1913. Den geschnitzten hölzernen Taufdeckel fertigte Gruber ebenfalls an. Der Taufstein ist eines von zwei Stücken, die den Brand 1911 überstanden haben.
Der Fußboden
Bemerkenswert ist der gekachelte Fußboden der Kirche. Er beeindruckt durch seine vielfältigen Ornamente. Besonders im Altarbereich fällt die Darstellung des Fisches auf – ein frühes Symbol der Christenheit, das bereits während der Zeit der Christenverfolgungen als Erkennungszeichen der Gläubigen diente.
Kronleuchter und Buntglasfenster
Die Kronleuchter stammen aus dem Jahr 1913 und ersetzen die Vorgänger, die 1911 zerstört wurden. Sie sind eine genaue Nachbildung des ältesten Messingleuchters der Kirche aus dem Jahr 1644.
Die Buntglasfenster hinter dem Altar entstanden 1978 aus erhaltenen Scheibenresten der 1911 abgebrannten Kirche. Die übrigen Fenster wurden mit hellen Scheiben neugestaltet und lassen den Kirchenraum in einem freundlichen Licht erscheinen.
Der Heilige Nikolaus – Schutzpatron der Kirche in Billwerder
Der Heilige Nikolaus ist der Schutzpatron der Kirche in Billwerder und gilt unter anderem als Schutzheiliger der Seefahrer. Die lebensgroße Sandsteinfigur wurde 1740 von Christoph Gruber geschaffen. Als zweites Stück überstand sie das Feuer, das die Kirche 1911 zerstörte, und wurde 1913 wieder über dem Turmeingang aufgestellt. Bis heute begrüßt sie die Besucherinnen und Besucher der Kirche.
Denkmäler für Verstorbene innerhalb St. Nikolai Billwerder
In der Kirche erinnert ein Epitaph an Gustav von Manstein (1805–1877), der als Offizier im Deutsch-Dänischen Krieg 1864 als Erstürmer der Düppeler Schanzen gilt und im Deutsch-Französischen Krieg 1870/71 bei Gravelotte und Orléans Siege errang. Seine letzten Lebensjahre verbrachte er in Billwerder. Das 1877 entstandene Epitaph ist eine Rekonstruktion des durch das Feuer von 1911 zerstörten Originals von Professor August Henneberger. Es trägt den Wahlspruch Mansteins „Allzeit voran“. Auch auf dem Friedhof erinnert ein Grabstein an ihn.
Eine weitere Gedenktafel in der Kirche nennt die Namen der 99 Gefallenen aus Billwerder, die im Ersten Weltkrieg ihr Leben verloren.
Zudem findet man eine historische Grabplatte aus dem 17. Jahrhundert und eine Grabplatte des ehemaligen Billwerder Pastors Johannes Gurlitt und seiner Frau.
Die Glocken
Die heutigen Bronzeglocken der Kirche stammen aus dem Jahr 1986. Sie ersetzten die Stahlglocken von 1919, die nach dem Verlust der drei ursprünglichen Bronzeglocken im Ersten Weltkrieg angeschafft worden waren.